Министерство здравоохранения Республики Абхазия призвано разрабатывать и реализовывать систему мер по охране здоровья населения, включая организацию профилактических мероприятий и оказание медицинской помощи населению.

Министерство здравоохранения осуществляет также организационно-методическое и оперативное руководство  учреждениями системы охраны здоровья.