Государственный таможенный комитет Республики Абхазия участвует в разработке таможенной политики, обеспечивает экономическую безопасность республики, защищает экономические интересы страны.
Комитет следит за своевременным и полным внесением в республиканский бюджет таможенных пошлин и налогов.
Комитет вправе определять особенности правового регулирования таможенных режимов Республики Абхазия.
Одной из функций комитета является разработка и реализация программы развития таможенного дела в Республике Абхазия.